Dans la zone des Préalpes médianes, on trouve successivement des nappes penniques dominant par endroit des nappes helvétiques, de la molasse d'eau douce inférieure puis des couches sédimentaires surmontant un socle crisallin.

Cette complexité conditionne les propriétés des sources d'eau du SIGE ainsi les moyens techniques à mettre en œuvre afin de garantir la qualité de leur eau car si la molasse constitue un excellent filtre naturel, les zones karstiques comme les Rochers de Naye, permettent une percolation rapide de l'eau.